整体观念
中兽医学非常重视机体自身的统一性、完整性以及与环境的密切关系。中兽医基础理论认为，动物机体是一个有机的整体，各个组成部分之间不可分割。中医以脏器功能作为脏器的分工，注重功能上相互配合，病理上相互影响。若五脏之中某一脏腑器官发生变化，不管功能旺盛还是虚弱，都会影响到别的脏器，甚至造成整体功能的紊乱。类比中医五行间联系，五脏只有相互牵制、平衡，才能达成整体功能的需要。
中兽医学也强调机体与外界环境有着密切关系，自然界（养殖场）的变化无时无刻不在影响着动物的生理和心理，动物机体也随着环境的变化做出调整。环境变了动物也要随着变，强烈变化易使动物生病，中医中药提高动物应对外界环境变化（应激、换料等等）的能力。
整体性是中兽医在养殖实践中的突出特点。在防病治病与提高动物产能等方面有极大的优势，不仅避免了“头痛医头，脚痛医脚”的弊端，也能突出防治重点减少用药，提高收益。
辨证论治
运用望（外观精神状态）、闻（喘息鸣音等）、问（了解采食、饮水等）、切（解剖了解器官病变）的诊断方法，收集动物的症状进行分析、综合、辨明发病病程和传变规律，判断为何种性质的“证候”，这个过程就是“辨证”。“论治”就是在辨证基础上确立治疗法则。辨证是治疗的前提和依据，论治是治疗疾病的手段和方法。“论治”后再由中药“组方”，发挥“证”治与药效的关系,指导中兽药的中药加工、配伍组方与运用规律、中兽药制剂工艺等等。
“证”与“症”的概念不同。“症”是症状，并非诊断，需要进一步弄清原因。“证”是证候，是疾病发展过程中某一阶段的病理概括，包括病变的原因、部位、性质，以及致病因素与抗病能力相互斗争情况等，它深刻、全面、正确地反映了疾病的本质。辨证论治不同于“对症治疗”。疾病的不同阶段可出现不同的证候、不同的疾病，也可在其发展过程中出现同样的证候。因此同一疾病的不同症候，其治疗方法有异，具体可以分为两个方面：
同病异治 是指同一疾病，因发病的时间或机体体质不同或疾病处于不同的发展阶段，其所反映出来的症候也不同，因而可采用不同的治疗方法。
如肉鸡风寒感冒在其不同的阶段，则属不同的证候，初期（1～2天，短暂）寒邪闭表寒邪与正气相争于肌表，观察鸡群聚堆、恶寒重、口不渴、发热轻、肿头肿眼等证候，用中药麻杏感宁清热解表；正邪抗争激烈，外邪入里化热，观察鸡群、肺热、咳喘、冠髯深红等证候，用中药双黄连或清解合剂治疗能清热滋阴；后期正气损伤热入营血，有毒血败血证候时用中药呼笃感宁与胃泰能补阳补气，清热解毒。夏季感冒，多为风热，宜用辛凉清解，透热外达；暑季感冒，多为暑湿，宜用健脾化湿；冬季感冒，多为风寒，宜用辛温解表。
异病同治 是指不同疾病，在其发展过程中出现性质相同的症候，则可采用相同的治疗方法。
如蛋鸡久痢、脱肛、料粪、采食低下等是不同的病，如果均表现为蛋鸡的中气下陷证，就可以用健脾升提中气的方法，治疗改善脾阳虚陷、升提失司的情况。
