目前尚未找到理想的解决方法，解决上述种种问题是一项系统工程，需作长期不懈的努力，要综合考虑各方面的因素，因地制宜，综合治理。
加强宣传教育，提高全民的环保意识。人的因素是最根本的，只有人们都认识到问题的严重性，才能从根本上解决问题。因此，要加强环保意识的宣传教育，加强对从事养殖业的工作人员进行专业培训和考核。
加强立法，避免发生“先污染后治理”现象。从养殖场的兴建到日常生产，制定严格而细致的规则，首先对新建养殖场的选址，必须严格执行禁建区政策，必须考虑周围环境(农田、鱼塘、果园)对粪污的消纳能力以及养殖场的粪污处理设施。养殖场应远离居民区(5km以上)和公路(200m以上)，既减少养殖场对居民环境的污染，也减少居民活动对养殖场的干扰。其次要求养殖场必须进行污染治理，否则不允许继续经营。
采用“干清粪”工艺减少冲洗用水。用水冲洗猪舍显然省时、省力又卫生，但粪、尿和水混合后造成后处理量大而复杂，须经过沉淀、过滤，反而事倍功半，并且浪费宝贵的水资源。实验表明采用水冲粪和干清粪不同的清粪工艺，每头猪的年均用水量分别为35～40t、10～15t。因此，应提倡推广干清粪工艺，即粪尿分离，及时清粪，既有利于粪污处理，又可减轻对猪体本身的污染以及臭气的散发。
完善工艺流程，加强科学管理养殖场的能源环境工程。必须依据《畜禽养殖业能源环保站设计规范》的要求做好前处理、厌氧处理和后处理的设计和施工，工艺要精良，技术要先进，容量要配套，管理要科学，还要特别注意发挥前处理投资省、效果好、管理方便的作用。
提高养殖水平，减少污染物排放量。首先要改善日粮配方和饲料加工工艺，粪便污染的实质在于日粮中营养物质吸收不完全而残留有N、P、C和一些重金属如Cu、Zn等。从营养学的角度考虑，畜禽可视为一个生产系统:“输入(饲喂)－转化(消化)－输出(粪尿)”，要使末端达到最小而不影响中间，只能着手于减少始端的供给量，形成“两头小中间大”的状态。如目前肉猪料肉比的世界先进水平为2．4∶1，而我国却为3．5∶1，既造成浪费和成本提高，又加重了对环境的污染。其次要合理使用饲料添加剂，在饲料中添加一定比例的微生态制剂、酶制剂、中草药、矿物质等，不仅能提高饲料转化率、有利于畜禽健康，而且能减少有害物质的排放、减轻养殖场恶臭。但添加的比例一定要合适，否则会造成畜禽产品的品质下降和环境污染加剧。
积极开展粪污的综合利用。粪污不是垃圾，而是放错了地方的资源，充分研究和利用粪污不仅可减缓全球资源危机和环境危机，还能带来可观的经济效益和社会效益。(1)还田肥土或生产有机肥用于农业生产。首先还田肥土仍是目前世界范围内处理畜禽粪便最主要的途径。但为了防止鲜粪中的病原微生物、寄生虫及其卵等对土壤和农作物的污染，畜禽粪便应经腐熟发酵后施用。不过在我国，由于大中型猪场的突然崛起、养殖场周围的土地有限、运往远处费用过高、农户使用化肥的便利及农村主要劳动力转移等原因，使粪污大量积压，而农田土壤肥力却不足。因此，生产有机肥用于农业生产可以解决运输问题，也提高了肥效，还可以解决大量施用化肥造成土壤肥力下降的问题。(2)发展生态型农牧业。发展生态型农牧业，实现零排放是彻底解决养殖业污染的根本方法，即在规划和建造养殖场时考虑粪污的消纳能力，把养殖业与种植业有机地整合在一个生态系统中，从根本上解决粪污污染问题。无论固体废物还是废水，处理和利用应在一个单元(所在区域)内解决，这样才能实现产品、土壤和环境的可持续健康发展。利用生态系统中物质和能量循环的原理，走牧、沼、果(林菜)与牧、沼、渔、果(林菜)等生态型养殖之路。
积极开展沼气综合利用。在未来的能源生产中，沼气将扮演越来越重要的角色，在生产沼气的同时，利用和处理了大量粪便和生活垃圾，沼气时代不是过时了，而是还没有到来。沼气可用于养殖场的职工生活用能、仔猪保温、发电等，是最廉价、最环保的能源。目前沼气的综合利用率低，许多沼气没有得到利用就被直接排放到空气中，还造成严重的温屋气体效应(CH4造成温屋气体效应是CO2的21倍)。同时要大力发展农村户用沼气，保护森林资源。福建气候暖湿，四季常青，森林覆盖率达60．5%，居全国第一。但人多地少，人均资源占有量低，人均耕地面积0.035hm2，人均占有森林面积0.21hm2，比全国和世界的人均占有量都低。三明市大部分是农区，农户都有种粮养猪的习惯，因此，农村具有丰富的沼气资源，应大力发展户用沼气。建造一口10m3的户用沼气池，可年产631.9m3沼气，节省5.85m3木材，建造户用沼气池按20a折旧计算，年均成本支出分别比燃烧蜂窝煤和木柴的费用降低3.7倍和2.9倍。到2003年底三明市共建造户用沼气池2.26万口，建池户占三明市总农户(38.16万户)的5.9%，可年生产沼气1428.1万m3，替代薪柴13.22万m3左右，约有11.3万农村人口用上高效、清洁、方便、卫生的沼气燃料。如果三明市有15%的农户(国家户用沼气普及标准)即5.72万农户建造沼气池，年可生产沼气3614.5万m3，替代薪柴33.46万m3左右，约有28.6万农村人口用上高效、清洁、方便、卫生的沼气燃料。因此，在福建省目前森林覆盖率较高时，就要考虑更好地保护森林资源，居安思危，而大力发展农村户用沼气是最好的保护森林资源的办法，节省下来的林木资源既可以用于发展木材加工业，也可用于发展食用菌产业，具有十分显著的经济、社会和生态效益。
